枯草芽孢桿菌是一種生物制劑，對作物、土壤都有很好的生長調節作用，基本是多功能的，不是只針對一點起作用，最重要的是它的使用效果是累加的，是單純的肥料或激素達不到的。因此被廣泛應用到種植、水產、環保、醫藥等領域。
研究表明在農業生產中，枯草芽孢桿菌對土壤和作物有以下作用：
一、抗生作用
抗生作用是指微生物通過產生代謝產物在低濃度下就能夠對病原（有害）微生物的生長和代謝產生抑制作用，從而來影響病原（有害）微生物的生存和活動。近半個世紀以來，人們從枯草芽孢桿菌不同菌株的代謝產物中分離純化了多種有效的抗菌物質。此功能對于提高植物抗病能力有莫大的貢獻。
二、誘導植物產生抗性，促進植物生長
誘導植物產生抗性作用是指枯草芽孢桿菌不但能夠抑制植物病原菌，而且還能夠誘發植物自身抗病機制，從而增強植物的抗病性能的作用。
枯草芽孢桿菌的抗逆性最強、功能最多、適應性最廣、效果最穩定。枯草芽孢桿菌能夠產生類似細胞分裂素、植物生長激素的物質，促進植物的生長使植物抵抗病原菌的侵害。
三、保護環境
枯草芽孢桿菌大量應用于生物肥料。當作用于作物或土壤時，能夠在作物根際或體內定殖，并起到特定肥料效應。
目前，微生物肥料在培肥地力，提高化肥利用率，抑制農作物對硝態氮、重金屬、農藥的吸收，凈化和修復土壤，降低農作物病害發生等方面有重大貢獻。
四、枯草芽孢桿菌對土壤微生物的呼吸強度的影響
土壤呼吸強度作為土壤生物活性指標之一，能夠在一定程度上反應土壤營養物的轉化和供應能力，其呼吸速率變化及變化方向也反應了生態系統對敏感程度的響應模式，是環境安全評價的一項重要指標，當土壤受到外來污染物污染時，微生物為了維持生存可能需要更多的能量，而使土壤微生物的代謝活性發生不同程度的響應。
研究表明，各質量分數處理的枯草芽孢桿菌均表現為對土壤呼吸作用的刺激效應，并且土壤中枯草芽孢桿菌質量分數越大，對土壤呼吸強度的刺激作用越大，即土壤的呼吸能力越好。
五、影響植物的氣空開閉。
在高濃度鹽類作用下， 氣孔保衛細胞內的淀粉形成受到阻礙， 使細胞不能關閉，植物容易干旱枯萎。而選擇耐鹽的巨大芽孢桿菌和枯草芽孢桿菌優勢菌株，生產出生物有機肥，在投入成本相同的情況下，植物生長發育良好，產量增加，而且鹽堿地土壤理化性狀得到改善，土壤微生物數量增多。
枯草芽孢桿菌無致病性，且定殖、繁殖速度快，還具有良好的發酵 基礎，能迅速抑制病原微生物生存，起到“貼身”保護植物，確保植物健康成長的作用，所以國內專家對枯草芽孢桿菌的評價是 “用量少，防效好，綠色又環保，增產又增收”。
